肠内营养配制室与治疗膳食配制室临近，总面积不低于60m2。分为刷洗消毒区、配制区、制熟区及发放区，其中配制区为组合式三十万级净化区；有条件的医院可按GMP要求建立面积在60m2以上的十万级净化区。室内墙壁为白色瓷砖，地面耐磨、防滑、防静电。
肠内营养配制室应配备匀浆机（胶体磨）、捣碎机、微波炉、电磁炉、冰箱、净化工作台、操作台、药品柜、清洗消毒设备、蒸锅、天平、量杯量筒及各种配制容器等设备。有条件的医院还可配备自动灌装设备等。